●docomo
　・i-modeブラウザ1.0
　　→i-mode対応HTML ×(実行されないためエラーも発生しない)
　　　i-mode対応XHTML ×(同上)
　・i-modeブラウザ2.0
　　→○(Javascript使用可能。携帯端末のScript動作設定が「有効」の場合のみ。）
　　　※script中のどの機能がどのように携帯で動くかは検証の必要がありますが、携帯向けにjavascriptを組むという
　　　　話は聞いたことが無いです。
　　　※i-modeブラウザ2.0対応JavaScriptについてはdocomoサイトを見た限りだとよほど凝ったものでない限り
　　　　動作するように見受けられますね。

●au
　・WAP2.0ブラウザ搭載端末 ×(実行されないためエラーも発生しない)

●SoftBank
　・HTML ×(実行されないためエラーも発生しない)
　・XHTML ×(同上)

現状、仕事上で僕が認識しているのは上記ですね。
おっしゃるとおり、i-modeブラウザ2.0のみ実行されるようですが、端末のソフトウェアは二転三転しているようで、
記述内容によりますが、JSはしばらくは実行されたりされなかったりということもありそうです。
(JSが動くモバイルサイトを作ったことが無いので検証したことは無いですが。。。)

携帯でのjavascript実行は例が非常に少ないというか、そもそも「動かないもの」として扱うので解説しているページは現段階ではなかなか無いですね。

携帯はPCと違い、各機種ごとにブラウザの仕様が若干異なります。
javascriptが普通に動作する携帯端末は、端末側のメモリやその他ハード、端末ごとに搭載するブラウザの仕様などをクリアすることで実現は可能だと思いますが、
現段階では「i-modeブラウザ2.0での閲覧が判別できるか否か」を調べてみることから始めるのが一番かな、と思います。

それを踏まえ、
・HTMLタグとしてのコメントアウトをした状態でscriptタグを記述する
・scriptタグを外部ファイルとしてロードする
などの対策をすれば、JSが原因で携帯サイトに何かしらのエラーが出る、ということは防げるような感じがします。

＞古めのimode携帯
　おそらく、その端末のブラウザが「script」というタグを認識しない仕様なのかもしれないですね。